甲类药品按照报销比例的100%报销。乙类要自付一部分，报销一部分，具体的报销比例根据各地和具体药品而有所不同。
医保目录是根据国家基本药物目录筛选的，甲乙类是按照疗效价格比确定的，也就是说疗效确切且费用低廉的均被列入甲类，不需自付.而乙类基本有自付比例，同一种药在不同的省市自付的比例不同。
医保甲类和乙类的区别：
甲类药品是指由国家统一制定的、临床治疗必需，使用广泛，疗效好，同类药物中价格低的药物，使用这类药物所发生的费用纳入基本医疗保险基金给付范围，按基本医疗保险办法的规定支付费用。乙类药品是可供临床治疗选择使用、疗效好、同类药品中比甲类药品价格较高的药品。
医保乙类是指乙类药品，基本医疗保险基金有能力支付部分费用的药物。使用这类药品产生的费用先由参保人员自付一定比例的费用后，再纳入基本医疗保险基金给付范围，并按基本医疗保险的规定支付费用。
甲乙类医保报销如何计算？
参保人就医后，发生了药品、诊疗等费用，其中药品又包括甲类药品和乙类药品，那么报销的方法是：乙类药扣除自付后的费用，加上甲类药全部费用，再加上诊疗等费用中符合医保规定的费用。对于超过起付线的费用，依据患者本人参保类型、就医医院级别等按规定比例报销。
计算公式如下：医保报销金额=【（甲类药品的全部费用+乙类药品扣除自付部分后的费用+其他符合医保规定的费用）－起付线】×相应报销比例。
例如，哈尔滨市城镇在职职工老刘某次就医三甲医院，住院发生了医保目录范围内的诊疗等费用 3000 元，甲类药品费用 2000 元，乙类药品费用 2000 元（本次使用自付比例都是20%的），起付线是 720 元，城镇职工医保在该级别医院的报销比例为 90%。
那么报销方法是：甲类药全部费用 2000元，加上将乙类药品扣除自付外的其余费用 1600元（乙类药品自付部分为 2000×20%=400元），再加上符合医保规定的诊疗等费用 3000元，合计 6600元。扣除 720元的起付线，纳入报销范围的费用是 5880 元。
法律依据：
《中华人民共和国社会保险法》
第二十
符合基本医疗保险药品目录、诊疗项目、医疗服务设施标准以及急诊、抢救的医疗费用，按照国家规定从基本医疗保险基金中支付。
《中华人民共和国城镇职工基本医疗保险条例》
第四十一条
省劳动保障行政部门根据国家有关规定，会同计划、经贸、财政、卫生行政、药品监督管理部门确定基本医疗保险药品目录。
省劳动保障行政部门根据国家有关规定，会同计划、财政、卫生行政、药品监督管理部门确定基本医疗保险诊疗项目目录、医疗服务设施范围和支付标准。
使用未纳入基本医疗保险范围的药品、诊疗项目、医疗服务设施，其费用统筹基金不得支付。
