个人补税4000多可能有以下几种原因：
1.纳税人在一个纳税年度内取得两个以上地方的综合收入，扣除“三险一金”等专项扣除后的年度综合收入余额超过6万元。
2.取得劳务报酬所得、稿酬所得、特许权使用费所得中的一项或者多项所得，且四项综合所得年收入额减去“三险一金”等专项扣除后的余额超过6万元的。主要原因:以上三种综合收入的收入来源分散，收入不稳定，可能有多个扣缴义务人，难以做到预扣税款与汇算清缴税款一致，需要汇算清缴。
3.纳税人在一个纳税年度内代扣代缴的税款低于依法应纳税额的。
4.纳税人申请退税的。申请退税是纳税人的合法权益，如纳税人年度预缴税款高于应纳税款的，可以申请退税。
法律依据：
《个人所得税法》
第十一条
居民个人取得综合所得，按年计算个人所得税；有扣缴义务人的，由扣缴义务人按月或者按次预扣预缴税款；需要办理汇算清缴的，应当在取得所得的次年三月一日至六月三十日内办理汇算清缴。预扣预缴办法由税务主管部门制定。
居民个人向扣缴义务人提供专项附加扣除信息的，扣缴义务人按月预扣预缴税款时应当按照规定予以扣除，不得拒绝。
非居民个人取得工资、薪金所得，劳务报酬所得，稿酬所得和特许权使用费所得，有扣缴义务人的，由扣缴义务人按月或者按次代扣代缴税款，不办理汇算清缴。
